雷射共軛焦顯微鏡的功用不僅僅可擷取焦距面上的共軛焦影像，其高解析力的特性更可應用於建構三維影像（3D construction）、縮時攝影（time-lapse imaging）及FRAP（Fluorescence recover after photobleaching）等不同應用領域中。